Программалоо кафедрасы Физика-математика факультетинин курамындагы «Колдонмо математика жана информатика» кафедрасынан бөлүнүп, ОшМУнун ректорунун 2001-жылдын 1-июнундагы №121-буйругу менен түзүлгөн. Кафедра 2002-жылы жаңы ачылган Компьютердик технологиялар факультетинин курамына өткөрүлгөн, ал эми 2006-жылы Математика жана информациялык технологиялар факультетинин курамына кошулган. 2007-2008-окуу жылынан баштап Программалоо кафедрасы Прикладдык жана компьютердик математика кафедрасы менен биригип, Программалоо кафедрасы деп аталган.

Кафедра башчылары болуп иштегендер: Кыбыраев А.О., ф.м.-и.к., доцент (2001-2004); Джураев А.М., ф.м.-и.к., доцент (2004-2005); Пирматов А.З., ф.м.-и.к., доцент (2005-2007); Анарбаева Г.М. ф.м.-и.к., доцент (2007-2008); Асылбеков Т.Д., ф.м.-и.к., доцент (2008-2011). 2011-жылдын июнь айынан баштап кафедраны ф.-м.и.д., профессор, Кыргыз Республикасынын Инженердик Академиясынын мүчө-корреспонденти Сопуев Адахимжан Сопуевич жетектеп келүүдө.

Кафедрада 2007-2008-жылдары доцент Г.М.Анарбаеванын жетекчилиги астында бардык багыттагы иш-аракеттер чыгармачылык менен уюштурулуп, кафедра университеттеги эң алдыңкы кафедрага айланган. 2008-жылы ОшМУда уюштурулган «Дисциплинанын мыкты окуу-методикалык комплекси» конкурсунда Программалоо кафедрасы баш байгени жеңип алган.

Кафедра «Эсептөө техникасын жана автоматташтырылган системаларды программалык жабдуу» (ЭТАСПЖ), «Информациялык системалар жана технологиялар» (ИСТ), «Информацияларды иштетүүнүн жана башкаруунун автоматташтырылган системалары» (ИИБАС) адистиктери боюнча жогорку квалификациялуу адистерди – инженер-программисттерди даярдап келүүдө.

Кафедра инженер-программисттерди даярдоодогу эң негизги максат алардын эсептөө техникаларынын иштөө принциптерин терең үйрөнүп иш жүзүндө аны иштетүүнү мыкты өздөштүрүүсүнө көңүл бөлөт. Кафедранын окутуучулар курамы тарабынын окутуу процессинде “Кадам сайын арымдап”, “Окутуунун программаланган методу”, “Сынчыл ойлоо жана жазуу”, “Ситуациялык маселелер” жана башка методдор колдонулат. Окутуунун сапатын жогорулатуу максатында кафедранын окутуучулары тарабынан окутуунун модулдук-рейтингдик технологиясынын негизинде «AVN» информациялык системасы кеңири колдонулуп келүүдө. Ошондой эле төмөнкүдөй атайын адистештирилген лабораториялар түзүлгөн: “Жогорку деңгээлдеги тилдерди программалоо”, “Компьютердик графика”, “Берилгендер базасын долбоорлоо жана иштеп чыгуу”, “Жасалма интеллект жана логикалык программалоо”, “Визуалдык программалоо”, “Мультимедиа тиркемелерин иштеп чыгуу”.

Кафедранын окутуучулары мектеп окуучуларынын “Математика” жана “Информатика” предметтери боюнча Ош шаардык жана Ош областтык олимпиадаларын өткөрүүгө активдүү катышып келүүдө. Кафедра 2010-2011-окуу жылдарында окуу-усулдук, илимий-изилдөө, маданий-масссалык жана тарбиялык иштерде жетишкен ийгиликтеринин негизинде Ош МУнун “Эң мыкты кафедрасы” конкурсунда 1-орунга татыктуу болгон жана 1-даражадагы диплом менен сыйланган.